1.单纯性复发性口腔溃疡：
有自发性剧烈烧灼痛，遇刺激疼痛加剧，影响患者说话与进食。一般无明显全身症状。而白塞病是一种全身性疾病，不仅有口腔溃疡，而且有眼部病变、会阴溃疡和针刺反应等。
2.赖特综合征：本病是反应性关节炎的一种特殊类型，表现为关节炎、尿道炎、结膜炎三联征，易与白塞病相混淆，但前者无针刺反应和静脉炎。
3.炎症性肠病：本病包括溃疡性结肠炎和克罗恩病，主要表现为消化道的溃疡，可有口腔溃疡及肛门溃疡，亦可有关节炎等肠外表现。溃疡性结肠炎表现为下消化道的溃疡，主要为乙状结肠的病变，可以由下向上发展至回肠，有人称之为“倒灌性回肠炎”。克罗恩病主要表现为消化道节段性的溃疡或增生，肠道内可呈铺路卵石样改变。炎症性肠病的病人多有较严重的腹泻，大便为脓血样。而且X线或纤维结肠镜检查可以辅助诊断，并与白塞病征鉴别。
4.系统性红斑狼疮：可有眼部病变、口腔溃疡及神经、心血管系统病变，但多见于育龄期女性，血中抗核抗体阳性可以鉴别。
5.韦格纳肉芽肿：亦可有口腔溃疡、眼部病变及多系统损伤，但其病情常呈进行性恶化，肺部X线检查可见有变化多端的浸润影，有时可有空洞形成，组织病理特征为肉芽肿性血管炎，伴有抗中性粒细胞胞浆抗体阳性，无外阴溃疡，针刺试验阴性。